本系歸屬於醫學相關學門，與全國其他醫技系一樣具有特殊之辦學任務，因此相較於其他醫學相關系所而言，本系的特色可歸納為：

醫學檢驗專業技術人才之培育單位

本系為培養專業之醫學檢驗人才與生物醫學相關技術研發人才之教育單位，畢業生通過國家考試後可取得醫事檢驗師的專業證照。此外，本系著重於傳授與研發生物醫學相關科技並實際應用於醫學檢驗領域。

教學與學生學習多元化

為培養自我學習與解決問題的能力，問題導向學習的教學方式具有特色。此外，教材審查機制與e-learning學習平台的建置提供學生更多元學習管道。再者，本系具有輔系與雙主修機制之建立，可增強學生發展優勢。

課程設計規劃與教師研發特色

相較於與其他醫學相關系所的課程設計與規劃，本系除了在醫學檢驗國家考試相關核心科目的專業授課具備特色之外，本系教師們研究發展的方向與成果也具備個人特色，例如結合奈米技術與材料搭配適合的光譜偵測儀器進行重金屬物種與生物標記檢驗方法的研發、細菌抗藥性基因體、結核菌以及其多重抗藥性之分子診斷技術之研發、癌症病人基因多型性與癌症的關連性、病人體內氧化性傷害及抗氧化物之變化與疾病的關聯性、酗酒之實驗室指標及其分子診斷之應用、單株抗體的開發用於腸病毒感染的檢測及治療、皮膚疾病 (白斑與砷暴露引發之表皮內癌Bowen’s disease) 之致病與治療機轉探討、葡萄糖對角質細胞移動之影響、臨床病理生理(心血管疾病與糖尿病)、基因體遺傳學、抗腫瘤及降血糖血脂之研究、口腔癌與乳癌抗氧化相關基因之基因多型性與營養、飲食之相關性研究、孕產婦鈣質補充和新生兒骨質密度之關係研究、同半胱胺酸在心血管疾病中所扮演之角色探討。

此外，本系吳世忠老師是醫技本科系畢業且具台大生理學研究所博士學養，應是國內醫技系同仁中少數具有如此學經歷與臨床生理專長的教師，往後對於本系或全國未來臨床生理課程的教學可以提供協助與貢獻。再者，本系教師在醫檢生技導論之問題導向學習(problem-based learning, PBL)教學、臨床毒物學、自由基生物醫學、生技產業之研發、分子疫苗學、動物實驗與組織培養、檢驗與營養評估、通識深化課程之營養與健康以及醫學檢驗數據整合判讀之案例教學等也具有相當之特色。

輔導成效與師生互動良好

學士班每年級有兩名輔導老師，碩士班每年級有一名輔導老師，由系上教師或擔任他系教師之校友擔任，協助同學們解決生活與課業上的疑難雜症。家導制度的建立提供本系全體師生另一縱向之輔導機制，得以促進各年級學生間的相互交流與關懷。因此，本系師生之間互動良好，展現良好的輔導效果。此外，本校建有期中學習預警機制，配合導師或各科專業師資的協助與輔導，讓學生的輔導成效更加完善。

基礎醫學與臨床教學研究相互結合

本系與本校各基礎學科與臨床醫學科間的合作關係良好且密切，因此可分享教學與研究所需之軟硬體設備進而促進教學與研究之成效。尤其在與附院臨床學科間的合作研究管道之多元化，確為本系研究生與教師們的研究資源之ㄧ，在探索尖端生醫研究之新穎性與創新性上具競爭優勢。再者，本系四年級學生必需在醫院實習，以使所學之理論與實務醫療配合，達成臨床印證理論的教學目標。