高雄醫學大學於民國43年，由首任董事長-前高雄市長陳啟川先生資助創立，是為全國最早創辦之私立醫學大學。為了促進醫學檢驗相關技術學之發展，並培植台灣醫療院所、公共衛生機關及工廠衛生檢驗室等各單位所需之醫學檢驗相關技術人材，本校醫學技術學系於民國70年3月7日經教育部核准成立，同年8月1日正式招收第一屆新生。民國83年8月1日，有鑑於專業知識與技能之分工需要，「醫學技術學系」遂分組為：「醫事檢驗組」與「放射技術組」。

民國84年2月1日起本系創系元老彭健芳教授擔任系主任；為了建制校友多元化服務網，提供校友與在校學生、母系之相互交流與溝通管到，「醫技系校友會」於民國85年8閱正式成立。此外，配合教育部政策，推廣終身學習的理念，本系二年制在職進修班於85年8月1日經教育部核准成立。

民國89年8月1日起蔡麗玉教授擔任本系系主任。蔡教授畢業於台灣大學醫學院醫技系，也是本系創系元老之一，其研究領域以自由基抗氧化物與癌症醫學為主。民國91年8月1日「放射技術組」獨立設系成為「醫學放射技術學系」，「醫事檢驗組」獨立設系成為「醫學技術學系」。本系自93學年度起變更系名為「生物醫學檢驗學系」；並為配合醫學檢驗與生物技術之發展趨勢及培育高階醫檢與生技之人力資源，並自93學年度起招收碩士班研究生。

民國95年8月1日黃友利教授擔任本系系主任。由於系名定義了學系的專業領域與發展方向，並且攸關在校生之生涯願景規劃與畢業校友之競爭優勢，自97學年度起，黃友利教授推動本系更名為「醫學檢驗生物技術學系」，以更適切符合時勢的脈動與需求。此外，為配合醫學檢驗與生物技術之研究發展趨勢，並培育高階醫檢與生技之人力資源，自97學年度起招收博士班研究生。為培育友邦國學生生物醫學與醫學檢驗相關技能知識，促進研究科學創新能力，成為醫學檢驗暨生物醫學專家，99學年度獲教育部增設「甘比亞生物醫學學士專班」，由甘國選派11位醫學檢驗醫士人才來本校就讀。

民國101 年8 月日吳慶軒教授擔任系主任，其任內配合學校推動國際化的任務，自103年度起本學系增設外籍生「醫學檢驗生物技術學士學程」，同時向國合會申請「國際高等人力培訓外籍生獎學金計畫」，招收邦交國之優秀學生。該計劃歷經七年，於109學年度最後一批學生畢業後結束該學士學程，完成階段性任務。

103年1月彭健芳教授光榮退休，總計彭教授為高醫醫學系實驗診斷學科及醫技系服務45年。彭教授專精於細菌學，他不遺餘力提攜後進，遍地桃李，其專業付出與卓越貢獻受到各界尊崇。隨後，106年7月蔡麗玉教授光榮退休，總計為高醫服務43年。蔡教授擔任過醫學系實驗診斷學科及醫技系教職、健康科學院院長、附設醫院檢驗部生化檢驗室、一般門診檢驗室及血清免疫檢驗室主任、高雄市醫檢師公會理事長、美國CLINICA CHIMICA ACTA期刊編輯等職，在醫檢、生化領域之國內外地位崇高。

本系所目前專任師資共計12名，其中教授6名、副教授 3 名、助理教授者 3 名、兼任師資 3 名、合聘師資 9 名。本系成立迄今已40年，計有畢業校友共2,140人，包括36屆學士班畢業校友1,605人，15屆碩士班畢業校友130人，3屆博士班畢業校友6人，6屆二年制進修班畢業校友327人，甘比亞生物醫學學士專班畢業校友11人， 4屆外籍學士班畢業校友61人。畢業學生均盡心盡力在醫技相關領域貢獻所學。